경상남도농업기술원이 이러한 문제점을 개선하기 위해 고구마 재배에 관한 기술지원과 현장 컨설팅을 통한 홍보를 강화하고 있다. 특히 아무리 품질 좋은 고구마를 가꾸었다 해도 수확 시기나 수확방법에 따라 상품성과 손실률이 크게 달라진다는 점을 강조하면서 농가의 올바른 수확기술 실천을 당부하고 있다.
고구마는 영양기관인 덩이뿌리를 거두어들이는 작물이어서 다른 작물과 달리 수확시기를 어느 정도 조절할 수 있다. 일반 재배 시 덩이뿌리가 비대하기 시작해서 무게 증가 최성기에 접어든 7월 하순부터는 아무 때나 수확을 해도 상당한 수량을 얻을 수 있지만, 최근에는 조기 재배에 의한 생산물이 이 무렵 출하되기 때문에 경쟁력이 떨어진다. 따라서 고구마의 수확 시기는 수량, 품질, 용도 및 시장성 등을 종합적으로 고려하는 것이 좋은데, 일반 재배의 경우 수량은 9월 하순까지 거의 결정이 되고, 그 이후의 수량 증가는 미미하므로 9월 하순부터 10월 상중순까지 서리가 내리기 전까지 완료하는 것이 좋다.
시장에 출하하기 위해서는 9월 중순까지 수확하는 것이 가격 면에서 약간 유리하며 저장을 하거나 전분용으로 이용하기 위해서는 10월 이후 전분가가 높은 시기에 캐는 것이 좋다. 씨고구마로 저장할 고구마는 일찍 캐면 높은 온도에서 저장이 시작되어 저장력이 약해지고, 또 너무 늦으면 서리의 피해를 입어 저장성이 낮아지므로 기온이 9℃ 이하로 낮아지기 전에 수확하여 저장하는 것이 좋다.
비가 온 후에 바로 수확하거나 토양이 습할 때는 고구마의 수분함량이 높아서 저장고 내의 습도가 높아져 호흡작용에 방해를 받아 유해물질이 생기고 생활력이 약해져서 썩기 쉽다. 따라서 고구마 수확은 맑은 날이 계속되는 때에 하는 것이 좋다. 또 고구마를 캘 때 상하지 않도록 주의해서 캐내야 저장성이 향상되고, 상품으로서의 가치도 높다.
식용고구마는 흙을 잘 털고 머리 부분의 줄기와 꼬리부분의 잔뿌리는 잘라주되, 너무 바싹 자르면 부패하기 쉬우므로 주의해야 한다. 씨고구마로 사용하거나 장기 저장할 것은 특히 병에 걸리지 않은 건전한 고구마를 골라야 한다.
수확 직후의 고구마는 자체의 호흡에 의해 열이 많이 나서 높이 쌓아두면 썩기 쉬우므로 바람이 잘 통하는 장소에 얇게 펴놓아 호흡이 안정된 다음에 본 저장고에 옮겨야 한다. 호흡 작용은 수확 후 급격히 증가하여 7~10일간 가장 높고, 그 후 차츰 낮아져 15~20일 후에 안정되므로 수확한 고구마는 직사광선이 들지 않고 통기가 잘되면서 온도가 낮지 않은 곳에서 15일쯤 예비저장을 하여 열이 발산된 후에 저장고로 옮기는 것이 좋다. 고구마를 저장하기 전에 또 중요한 것으로 아물이처리(큐어링)가 있다. 큐어링이란 고구마의 상처 난 부위에 병균이 침입하지 못하도록 고온다습한 조건하에 일시적으로 처리하여 상처가 잘 아물도록 하는 것을 말한다. 아물이처리는 수확 후 1주일 이내에 실시하는 것이 좋은데, 아물이 온도는 30~33℃, 습도는 90~95%로 처리기간은 4일 정도하는 것이 좋다. 아물이처리를 하면 병균의 침입을 막을 수 있고 검은무늬병에 대한 치료효과도 있기 때문에 씨고구마로 활용할 계획이라면 필수적으로 하는 것이 좋다.