의병의 홍주성 입성 상황을 홍순대의 ‘해암사록'에서는 다음과 같이 묘사하고 있다.
홍주성으로 가는 도중에 광천장터에 살고 있는 왜놈 6명을 사로잡았다. 4월 26일(음력 5월 19일) 홍주 남산 꼭대기에 이르렀을 때의 병력은 5천여 명에 이르렀다. 마침 이날은 홍주 장날이기도 하였다. 오후 4시쯤 성을 함락하려고 하였으나 어찌할 방도가 없었다. 홍주성의 4대문은 굳게 잠겨 있었다. 우리 진영의 아주 날쌘 병정 2명이 성에 들어갈 곳을 찾다가 하수구를 발견하고 그리고 들어가 4대문을 열었다. 드디어 홍주성은 함락되었다. 대문을 연 두 병정은 신천문(申文天)과 천학순(千學順)이었다. 의병들이 성 안에 살고 있던 왜적을 잡으려 했으나 그들은 성이 무너지기 전에 이미 달아나 버렸다.
선생의 의병부대가 홍주성을 탈환했다는 소식이 전해지자 신보균·신현두·이식·안항식·김상덕·유호근 등 명망 있는 지방 유생들이 의병을 초모하여 차례로 입성하였다. 그리하여 의병은 총 멘 자 600여명, 창 가진 자 300여명, 유회군 300여명 등 모두 1,200여명에 달했다.
홍주성을 점령한 뒤 선생은 의진을 새롭게 편제하였다. 의병 지휘부는 충남의 서북부 지역 인사가 중심이 되었다. 특히 선생이 거주하는 청양 출신의 인사가 많았다. 정산면의 박윤식·이식, 화성면의 안병찬·안병림 형제, 안항식·채광묵, 임한주·임승주 형제, 장평면의 이세영·김덕진, 한태석·한훈 형제 등이 그들이다. 이들 외에도 예산의 이남규·남규진, 보령의 유준근·신보균·신현두, 부여의 이용규·이상두, 해미의 박두표, 온양의 곽한일 등이 있다. 선생은 각 군수에게 훈령을 내려 양식과 군기의 징발과 징병의 일을 알선하도록 명령하였다. 이때 해미 군수만이 포군 10명과 약간의 군자를 보냈다.
홍주성을 점령하고 나서 선생은 광무황제에게 상주문을 올리고자 하였음이 최근에 밝혀졌다. 즉 선생은 상주문을 작성하여 이민학(李敏學)에게 주어 광무황제에게 올리게 하였던 것이다. 상주문의 내용은 을사오적과 이등박문의 처단 등의 내용을 담고 있으며 거기에다 거병(擧兵)한 이유를 들면서 의병을 일으킨 뜻을 받아들일 것을 요구하는 내용이 포함되었다. 그러나 이민학이 서울에 도착하기 전에 홍주성이 일본군 수중에 떨어짐으로써 이 계획은 중지되고 말았다. 홍주성에서 패주한 일본군은 공주병력을 지원 받아 20일부터 홍주성을 둘러싸고 공격을 감행하였으나 선생의 의병부대는 이를 격퇴하였다. 21일은 수원 헌병부대로부터 파견된 헌병과 경찰 혼성부대를 패주시키자 22일에는 서울 경무고문부의 배원(排原)경시와 조선 경무관 및 그 부하 20명이 증파되어 왔다. 이들은 24일 공주 진위대에서 파견한 57명의 관군과 함께 의병을 공격하였다. 27일 동원(桐原)경시는 토방(土坊)경부와 한국인 경찰 송총순에게 순사 5명을 딸려 서문 밖을 정찰하도록 시켰으나 이들은 오히려 의병에게 체포되었다. 선생은 29일 밤에 선봉장에 명하여 체포한 일본인 3명과 일진회원 2명을 총살하였다.
이와 같이 몇 차례의 일본경찰과 헌병대의 공격에도 전세가 의병 측에 유리하게 전개되자 통감 이등박문은 한국주차군 사령관에게 군대파견을 명령하였다. 사령관 장곡천의 명령을 받은 일본군 보병 제60연대의 대대장 전중(田中)소좌는 보병 2개 중대와 기병 반개 소대 그리고 전주수비대 1개 소대를 거느리고 30일 홍주성을 포위하기에 이르렀다.