주요 수출 작목인 시설채소의 도내 재배면적은 현재 약 16,700ha에 이르고 있고, 이중 수박, 오이, 토마토 등 연작장해의 영향을 대체로 많이 받는 과채류가 재배되고 있는 면적이 전체의 86%인 14,400여ha를 차지하고 있다. 따라서 농가에서는 이들 작목을 한 장소에서 매년 이어짓게 됨으로써 연작장해에 의한 농산물 품질저하가 발생하는 등 문제점이 나타나고 있어, 이에 대한 방지대책이 요구되고 있다.
경상남도농업기술원에 따르면 시설재배지에서 더욱 뚜렷이 나타나는 연작장해는 토양 20~30cm 깊이에 생기는 딱딱한 층에 의한 배수불량 등 물리적 요인과 병원균, 뿌리혹선충의 밀도 축적이 가속화되는 생리적 요인, 그리고 토양 표면의 투수성 불량에 의한 염류집적 등 화학적 요인 등이 복합적으로 나타나 작물의 생육을 방해하게 된다고 들고, 이들 장해에 대한 원인별 예방대책 실천을 농가에 적극 지도해 나가기로 했다.
농업기술원은 연작장해 중에서 가장 흔히 나타나는 염류집적을 예방하기 위해서는 노지에 비해 비료 사용량을 줄이되, 연작 연수가 많을수록 비료 양을 더 줄이고 토양 정밀검정을 통해 적절한 시비대책을 수립하는 것이 바람직하다고 전했다. 또한 시설내 작물을 재배하지 않는 휴한기에는 피복물을 벗겨 비를 충분히 맞힘으로써 담수에 의한 제염효과도 얻을 수 있다고 덧붙였는데, 담수처리를 하면 칼슘, 마그네슘, 질산, 염소 등이 크게 감소되는 것으로 알려져 있다. 이 외의 염류집적 해소방안으로는 표토제거 및 객토실시와 퇴비 등 유기물을 충분히 살포하는 방법, 사료용 옥수수나 수수 등 제염작물을 재배하는 방법 등이 있다.