국민건강보험공단은 2006년부터 2007년까지 국민에게 제공하여 오던 「의료비부담 내역서」를 2008년 연말정산부터는 제공하지 않는다.
이유는, 국세청의 고시변경에 따라 2008년부터 의료비수납자료 집중기관이 건강보험공단에서 국세청으로 바뀌게 되면서 공단에 모든 의료비 본인부담 내역이 없게 되므로 더 이상 공단이 의료비소득공제 증빙자료인 「의료비부담내역서」를 발급할 수 없기 때문이다.
또한 작년까지 건강보험공단에 가족에 대한 「의료비부담내역 자료제공동의서」를 제출한 사람도 국세청의 동의방법 절차에 따라 다시 동의절차를 밟아야 한다. 왜냐면 공단에 제출한 동의서가 의료비에 한정된 것인데 반하여 국세청의 연말정산간소화를 위한 증빙서류는 9가지를 한꺼번에 제공하기 때문이다. 따라서 의료비소득공제 증빙자료가 필요한 근로자들은 국세청 연말정산간소화 홈페이지(www.yesone.go.kr)를 방문 하거나, 1588-4020번으로 문의하여 절차를 안내 받아야 한다.